1943 йил 20 октябрда Тошкентда Ўзбекистон, Қозоғистон, Қирғизистон, Тожикистон, Туркманистон республикалари мусулмон уламолари ва дин арбобларидан 160 киши қатнашган қурултойда ташкил этилган. Унинг ташкилотчилари Ўзбекистондан Эшон Бобохон ибн Абдулмажидхон, шунингдек, Абдулғаффор Шамсуддин (Қозоғистон), Олимхонтўра Шокирхон (Қирғизистон), Солиҳ Бобокалон (Тожикистон), шайх Кина Эшон (Туркманистон) бўлишган. Аввал Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диния назорати деб ном олган бу ташкилотга 1943-1957 йилларда муфтий Эшон Бобохон, 1957-1982 йилларда у кишининг ўғли муфтий Зиёуддинхон Эшон Бобохон раҳбар бўлишди. Кейинчалик уни Шамсуддин Бобохонов, шайх Муҳаммад Содиқ Муҳаммад Юсуф, Мухторжон Абдуллаев, Абдурашид қори Баҳромов, Усмонхон Алимовлар бошқаришди. 1991 йилдан Мовароуннаҳр мусулмонлари идораси, 1995 йилдан эса Ўзбекистон мусулмонлари идораси деб юритилади. Идора 50 дан зиёд хорижий мамлакат билан алоқа ўрнатган, 2000 дан зиёд масжид, Ислом институти, ўндан ортиқ ўрта махсус Ислом билим юртларини тасарруф этади. Унинг қошида диний адабиётлар чоп этадиган «Мовароуннаҳр» нашриёти бор, «Ҳидоят» журнали ва «Ислом нури» газетаси нашр этилади.